- Les épreuves du Mur glissant, de la Noria, des Conserves et des Balles de coton sont jouées avec une nouvelle règle, celle de la clepsydre rouge (voir Règles du jeu de Fort Boyard 2003).
- Après plusieurs années de non-diffusion, le Bizutage refait surface avec 3 apparitions. De même, les épreuves bloquées par des aventures en 2002 sont de retour, comme le Précipice extérieur et la Menotte. A l'inverse, l’épreuve des Pierres extérieures, épreuve mythique présente dans la cellule 221 depuis 1990, n’est plus diffusée.
- Chose étrange, l’épreuve du Mange-fil déménage dans une nouvelle cellule et prend la place du Bras de fer, épreuve historique présente depuis 1990. Malgré son déplacement, le Mange-fil ne sera pas diffusé. Cette même cellule est aménagée en chambre pour Olivier MINNE, qui dort sur le fort dû au nouveau déroulement de l’émission.
- La Souricière et le Code musical, présents dans des petites cellules ne seront pas diffusées.
- La Clé à la mer est remplacée par la Clé au filet, sur l’autre plate-forme du carrelet. Le candidat doit monter grâce à un filet vertical jusqu’à une plate-forme grillagée horizontale, fixer sur le mur extérieur du fort, afin de récupérer la clé. La nouveauté est que cette séquence se fait avec une clepsydre, située à l’extérieur du fort !
- Si 2002 est l’année des aventures, ce n’est pas le cas de 2003. La production n’utilisera que 14 aventures durant cette saison contre 24 l’an passé.
- La finalité des aventures change. Désormais il faut parfois récupérer un papier avec un code à la fin de l’aventure, celui si permettra d’ouvrir un coffre en bois contenant la cartouche. Mais surtout l’indice qui se trouve à l’intérieur n’est pas accessible par l’équipe de suite, il faut maintenant attendre la fin de la partie aventure.
- La nouvelle aventure de la Spéléo est assez volumineuse, une immense cage verticale dépasse de la Salle du trésor et jusqu’au niveau de la passerelle du 1er étage. Cette aventure se situe pourtant dans une des citernes du fort, sous la Salle du trésor, lieu auparavant inoccupé.